Leonardo dipinse la sua Annunciazione per il monastero olivetano di San Bartolomeo a Monteoliveto, di Firenze. Era dunque in contatto con i Monaci Olivetani, insediati anche nella basilica di San Miniato.

Antonio Natali, direttore della Galleria degli Uffizi, nel corso di una visita privata alla galleria, ha fatto ieri un’osservazione di estremo interesse riguardo alla Natività che Leonardo aveva dipinto per il convento di San Donato in Scopeto. Sullo sfondo si scorgono imponenti rovine, colonne, archi e scale. Ma, osserva Natali, ad un’osservazione attenta, su queste rovine si scorgono operai al lavoro. Dunque è in atto una ricostruzione di ciò che è rovinato. Si tratta del Tempio che viene ricostruito dopo la sua distruzione; e questo Tempio, come è facile indovinare, è simbolo del Cristo che nasce.

E qui viene la cosa interessante. Le due scale che salgono sui ruderi, per posizione e tipologia,  sono identiche a quelle che in San Miniato al Monte salgono dalla navata al coro; anche il numero dei gradini è uguale, sedici. Leonardo rappresenta un edificio su due livelli, sostenuti da possenti arcate e pilastri, idealizzando così la reale conformazione della basilica.  

Per Leonardo San Miniato al Monte è immagine del Tempio celeste. Egli era dunque consapevole della simbologia esoterica che riconduceva l’architettura della basilica, attraverso la magia del numero e della proporzione, al suo modello eterno.